2019年12月30日零时起，深圳北站实施年底列车运行图，由此虎门高铁站也随之正式实施年底列车运行图。其中，增开广州南-深圳北G6221次（经停虎门）0.5对、广州南-福田G6227/18次（经停虎门），另广州南-深圳北G1311次（原经虎门）停运。
深圳北站实施年底列车运行图，调图变化主要包括增开旅客列车2.5对、变更区段5对、停运6对（含高峰线1对）。其中，增开列车经停虎门高铁站的，主要有广州南-深圳北G6221次（经停虎门）0.5对、广州南-福田G6227/18次（经停虎门）。
变更区段经停虎门的列车，包括深圳北-南宁东G2914/5次延长至北海，车次改为G2918/9 G2920/17次（经停虎门），延长区段经由邕北线；湛江西-深圳北G6084/1次（经停虎门）延长至汕头，延长区段经由杭深、梅汕线；湛江西-深圳北G6086/7（不经虎门） G6084/1次（经停虎门）延长至汕头，延长区段经由杭深、梅汕线；岳阳东（长沙南）-广州南G6107/8次运行区段调整为长沙南-深圳北，车次改为G6023/32次（经停虎门），使用CR400AF-A型动车组。另外，广州南-深圳北G1311次（原经虎门）停运。
运行图调整后，虎门高铁站广深港高速线开行动车组列车241对，其中日常线188对增加3对、周末线19对、高峰线34对。此外，杭深线开行动车组列车145.5对，日常线138.5对增加0.5对、周末线7对、高峰线0对减少1对。
另外，梅汕线开行动车组列车20对，日常线16对减少2对、高峰线4对。进一步提高了运输效率，为做好2020年春运工作打下基础。
