穿梭巴士过境巴士或差别定价
在两套方案中，唯一不同的是方案二中，穿梭巴士和过境巴士差别定价。部分听证参加人认为，穿梭巴士和过境巴士运营性质不同，前者为独家经营，实载率较高，定价考虑了路桥费，成本可以传导给乘客，后者经营主体众多，可选择口岸较多，竞争激烈，实载率较低，无法通过提价消化成本。如穿梭巴士定价为450元，广州、中山等市至香港的运输成本将增加15%左右，半数车辆将转走深圳湾口岸，不利于提升运输服务质量。部分听证参加人认为，两种巴士属于同一类型车辆，如执行不同政策，感觉不尽合理，应适当降低穿梭巴士收费标准，尽量缩小价差。
部分听证参加人建议，区分不同时间和交通流量差别定价，对经常往来的车主设置月票或套票优惠。部分听证会参加人建议，考虑到交通量、收费、成本预测可能存在偏差，政府应该定期检讨和跟踪评估，对收费标准进行动态调整。
部分听证参加人认为，该项目车流量测算过于保守。随着产业转移、配额政策优化、机场互用共享和旅游业的发展，预计实际车流量将大幅增加。部分听证参加人认为，三地跨界车辆配额有限，未来珠江东西岸将建成虎门二桥、深中通道等五个分流通道，该项目车流测算过于乐观。部分听证参加人认为，交通量是基于现有配额测算的，未来应结合实际调整。
另外，部分听证会参加人还提出了颁布大桥管理及运营条例、实行两地一检、增发车辆配额、扩建口岸配套停车场、增设旅游购物区、增加接驳巴士、建立跨界营运车辆司机资格互认机制、举行马拉松比赛等意见建议，广东省发展改革委将及时转告有关部门。
广东省发展改革委表示，召开听证会，就是要让全社会，特别是听证会参加人充分发表意见，就是要让我们充分听取意见。定价机关将尊重各方声音，吸纳各方智慧。对听证会参加人，以及社会各方面的意见，将全面梳理、逐条研究、合理采纳。本次听证会后，广东省发展改革委将汇总听证会意见提交定价机关，由定价机关对港珠澳大桥主体工程车辆通行费定价方案做进一步完善，按程序报省政府批准后实施。
港珠澳大桥通行费听证方案：
方案一
私家车、出租车150元/车。次
穿梭巴士、过境巴士450元/车。次
货柜车115元/车。次
普通货车60元/车。次
方案二
私家车、出租车150元/车。次
穿梭巴士450元/车。次
过境巴士200元/车。次
货柜车115元/车。次
普通货车60元/车。次
（广报记者陈治家摄影报道）
