优化调整重点：增设同沙公园、市民广场和富民南路3座车站。
2号线：全长56.2公里，设站23座，其中城市轨道交通换乘车站2座。该线路途经石龙、茶山、东城、南城、厚街、虎门和长安7个镇街。
与周边城市轨道网衔接：南端与深圳市轨道交通20号线衔接，深圳市轨道交通20号线延伸至长安新区站。
优化调整重点：完善与深圳市轨道交通20号线的衔接方案。
3号线：全长70.3公里，设站25座，其中城市轨道交通换乘车站4座。该线路途经长安、大岭山、松山湖、寮步、大朗、东坑、常平、桥头和企石9个镇街（园区）。
与周边城市轨道网衔接：3号线在企石博厦站预留与惠州市轨道交通线网的衔接条件。与穗莞深城际线在长安金沙站形成衔接，与莞惠城际线在松山湖北站和东莞东站形成衔接，与广深铁路在常平站形成衔接，与京九铁路在东莞东站形成衔接。
优化调整重点：调整了部分线路的敷设方式，增设金多港站1座车站。
4号线：全长30.2公里，设站11座，其中城市轨道交通换乘车站2座。途经黄江、塘厦和清溪3个镇。
与周边城市轨道网衔接：西端与惠州市轨道交通4号线衔接，暂定惠州市轨道交通4号线延伸至东莞市轨道交通4号线清溪东站。
优化调整重点：与惠州市轨道交通4号线形成衔接；增加1座车站。
